Процесс создания научных и институциональных основ современной морской политики Российской Федерации был достаточно сложен и обладал своей спецификой. Инициатором этого процесса был Военно-Морской Флот. С изменением политического и экономического строя в стране с 1991 года пошел и стал практически неуправляемым обвальный процесс снижения сначала военно-морского, а затем и всего морского потенциала государства. Проблемы, связанные с развитием военно-доктринальных взглядов, доведением их до конкретных практических решений, стали для России чрезвычайно актуальными.
Ведомственный подход к освоению Мирового океана неизбежно вел к противоречиям и конфликтам между отраслями морского хозяйства, в то время как важнейшей целью освоения Мирового океана является долговременная эксплуатация его пространств и ресурсов на основе единого системного подхода к определению стратегии развития, размещения, организации и управления всей морехозяйственной деятельностью, выбора эффективных направлений укрепления и наращивания морской мощи Российской Федерации, сочетания совокупности средств как освоения Мирового океана, так и защиты государственных интересов. Вопрос о необходимости, порядке и сроках разработки в рамках федеральной целевой программы "Мировой океан" Морской доктрины Российской Федерации рассматривался Военно-Морским Флотом как назревшая необходимость разработки и реализации долговременной комплексной государственной политики Российской Федерации в целях утверждения политического курса в области освоения и использования ресурсов и пространств Мирового океана в интересах обеспечения устойчивого экономического развития и национальной безопасности России.
В 1999 году на совещании Совета Безопасности «Об определении общей стратегии и неотложных мерах по сохранению и развитию морского флота и кораблестроения Российской Федерации» была определена необходимость разработки и реализации долговременной комплексной системной государственной политики Российской Федерации в области освоения и использования ресурсов и пространств Мирового океана в интересах обеспечения устойчивого экономического развития и национальной безопасности России, обоснованы предложения о необходимости разработки на базе материалов ФЦП «Мировой океан» Морской доктрины Российской Федерации и ее утверждении на государственном уровне, а также создания при Правительстве Российской Федерации Морской коллегии. Содержание принятых по результатам этого совещания документов, которые действуют до сих пор, представляет собой, по существу, широкомасштабную программу совместных действий субъектов морской деятельности, ориентированных на достижение поставленной перед ними единой цели – комплексного решения проблем освоения и эффективного использования Мирового океана в интересах экономического развития и обеспечения безопасности страны на основе последовательного претворения в жизнь единой государственной морской политики.
Настойчивость Военно-Морского Флота в доведении этой идеи до высших органов государственной власти во многом определила и утверждение Президентом Российской Федерации 27 июля 2001 г. такого документа как Морская доктрина Российской Федерации на период до 2020 года. Впервые в истории России был разработан и утвержден Президентом Российской Федерации долговременный документ, интегрирующий по своему содержанию все направления морской деятельности Российской Федерации. Ни одна мировая морская держава такого документа не имела.
В то же время порядок и этапы реализации принятых государственных решений в области совершенствования морской деятельности требовали создания в стране надежного и эффективного административно-правового механизма в области определения Президентом Российской Федерации основных направлений морской политики Российской Федерации, их реального выполнения Правительством Российской Федерации на основе тесного взаимодействия с Федеральным Собранием Российской Федерации.
Однако структуры высших органов государственной власти изначально не предусматривали введения ответственности за проведение национальной морской политики. Поэтому механизм разработки и реализации морской политики оставался слабым и разобщенным, а ограниченность усилий в области морской деятельности, и, тем более, крайняя медлительность их применения, ни в коей мере не соответствовали ни потребностям страны, ни тем возможным экономическим и политическим выгодам, которые могли бы быть получены при централизации системы федерального руководства морской деятельностью. Анализ распределения функций и полномочий федеральных органов исполнительной власти по управлению морской деятельностью свидетельствовал об их дублировании и дроблении. Следовало уточнить состав и структуру федеральных органов исполнительной власти, непосредственно участвующих в морской деятельности и ответственных за реализацию морской политики в соответствии с задачами, изложенными в Морской доктрине и нормативными документами о совершенствовании морской деятельности.
В «Основах политики Российской Федерации в области военно-морской деятельности утвержденных Указом Президента Российской Федерации от 4 марта 2000 г., в качестве меры по повышению эффективности координации федеральных органов исполнительной власти при изучении, освоении и использовании Мирового океана, было определено создание для этих целей координирующего органа при Правительстве Российской Федерации – Морской коллегии.Замыслом формирования Морской коллегии при Правительстве Российской Федерации предусматривалось поэтапное создание в государстве преемственного административно-правового механизма реализации национальной морской политики, объединяющего усилия органов государственного и военного управления и обеспечивающего реализацию и защиту национальных интересов России в Мировом океане, и в то же время способного решить задачу разграничения полномочий между центром и приморскими регионами в сфере морской деятельности, использовать ее результаты для повышения эффективности деятельности системы федеральных органов исполнительной власти и создания благоприятных условий для реализации субъектами предпринимательства своихправ и интересов.
27 июля 2001 г. вышло поручение Президента Российской Федерации В.В. Путина № Пр-1384 о переходе к реализации национальной морской политики и созданию при Правительстве Российской Федерации Морской коллегии, а за № Пр-1387 утверждается Морская доктрина Российской Федерации на период до 2020 года, в которую включено положение о том, что Правительство Российской Федерации через федеральные органы исполнительной власти и Морскую коллегию осуществляет руководство реализацией задач национальной морской политики.
Утвердив Морскую доктрину, Президент Российской Федерации В.В. Путин четко и ясно дал понять, что Россия, объявляя свою морскую политику, намерена решительно и твердо укреплять позиции среди ведущих держав. Создание впервые в истории России полномочного органа, ответственного за формирование и реализацию национальной морской политики, каким является Морская коллегия, а также впоследствии принятые ею решения, положили практическое начало восстановлению морской мощи государства, занятию Россией достойного места в ряду ведущих морских держав.
1 сентября 2001 г. постановлением Правительства Российской Федерации № 662 была создана Морская коллегия при Правительстве Российской Федерации, утверждены Положение о ней и ее состав. Председателем Морской коллегии стал Председатель Правительства Российской Федерации М.М. Касьянов. Главнокомандующий Военно-Морским Флота адмирал флота В.И. Куроедов был назначен заместителем Председателя Морской коллегии. В состав Морской коллегии были включены 11 министров Российской Федерации – практически все руководители основных ведомств Правительства России. Здесь же были представлены и руководители всех ведущих служб, которые связаны с морской деятельностью. Ни одна другая межведомственная комиссия Российской Федерации, которую лично возглавлял Председатель Правительства Российской Федерации, не имела такого представительного состава. В средствах массовой информации Морскую коллегию образно называли "Морское Правительство России". На нее легли задачи реализации морской политики, требований Морской доктрины, которые определял Президент Российской Федерации. Одной из важных функций Морской коллегии заключалось в решение проблем межотраслевого и межрегионального уровней.
В соответствии с положением о Морской коллегии она стала постоянно действующим координационным органом, обеспечивающим согласованные действия федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации, научных, общественных, промышленных и других организаций, в том числе различных форм собственности, связанных с морехозяйственной деятельностью, по решению государственной задачи особой важности обеспечения национальных интересов и безопасности Российской Федерации в Мировом океане.
21 декабря 2001 года в г. Санкт-Петербурге в историческом здании Адмиралтейства было проведено первое заседание Морской коллегии при Правительстве Российской Федерации. С этого времени началась работа Морской коллегии по реализации Морской доктрины Российской Федерации на период до 2020 года.
Деятельность Морской коллегии при Правительстве Российской Федерации и государственной системы управления морской деятельностью позволяет проводить постоянную, целенаправленную, скоординированную, преемственную государственную морскую политику России. В совокупности предложенные Морской коллегией при Правительством Российской Федерации и утвержденные Правительством Российской Федерации меры позволили создать в стране административно-правовой механизм, объединяющий усилия органов государственного и военного управления, обеспечивающих реализацию и защиту национальных интересов России в Мировом океане.
В целях повышения эффективности реализации национальной морской политики, защиты национальных интересов и укрепления обороноспособности России в Мировом океане Указом Президента России № 691 от 13 августа 2024 года создана Морская коллегия Российской Федерации.
Основной задачей работы Морской коллегии определено обеспечение координации деятельности федеральных и региональных органов исполнительной власти по вопросам реализации национальной морской политики.
Создание Морской коллегии обусловлено необходимостью выведения на новый качественный уровень государственного управления в сфере морской деятельности в связи с ростом геополитической напряжённости, беспрецедентным санкционным давлением на Россию.
В соответствии с Указом Президента России Морская коллегия при Правительстве Российской Федерации была упразднена. С целью обеспечения преемственности многие члены Морской коллегии при Правительстве вошли в состав Морской коллегии Российской Федерации.
Для выработки направлений развития морской деятельности и реализации национальной морской политики, подготовки предложений Президенту Российской Федерации по актуальным вопросам в составе Морской коллегии Указом Президента России образованы три совета: по стратегическому развитию Военно-Морского Флота, по защите национальных интересов в Арктике и по обеспечению морской деятельности Российской Федерации.
